Skip to content

VASP

VASP je paket za izvajanje kvantno-mehanske molekularne dinamike (MD) z uporabo psevdopotencialov in osnovnega nabora valov ravni. Pristop, uporabljen v VASP temelji na približni temperaturi lokalne gostote (s prosto energijo kot variacijsko količino) in natančni oceni instantnega stanja elektronske ozemljitve pri vsakem koraku MD z porabo učinkovitih načrtov matrične diagonalizacije in učinkovitega mešanja Pulay.

Dostop

VASP je na voljo samo za uporabnike HPC Vega, ki že imajo licenco VASP. Za pridobitev dostopa do VASP na gruči HPC Vega mora vsak uporabnik poslati elektronsko sporočilo naši podporni ekipi, ki vsebuje vaš elektronski naslov, na katerega je podjetje VASP Software GmbH dodelilo licenco in ali gre za licenco različice 5 ali različice 6 (različice niso samoumevno vključujoče). Če je licenco dodelil ponudnik licenc Material Designs Inc., obvestite podporno ekipo.

Moduli

Uporabnikom nudimo več graditev VASP. Moduli VASP dodajo pot v binarne pare VASP vašega iskanja in tudi določajo nekaj okoljskih spremenljivk. Za ogled razpoložljivih modulov VASP:

module spider vasp

Izpis:

--------------------
  VASP-5:
--------------------
         Versions:
                VASP-5/VASP-5.4.4-AOCC-AOCL-OMPI
                VASP-5/VASP-5.4.4-foss-2020b
                VASP-5/VASP-5.4.4-GCC-AOCL-OMPI
                VASP-5/VASP-5.4.4-Intel
                VASP-5/VASP-5.4.4

--------------------
  For detailed information about a specific "VASP-5" package (including how to load the modules) use the module's full name.
  Note that names that have a trailing (E) are extensions provided by other modules.
  For example:

         $ module spider VASP-5/VASP-5.4.4
--------------------

--------------------
  VASP-6:
--------------------
         Versions:
                VASP-6/VASP-6.2.1
                VASP-6/VASP-6.3.1-foss2021b
                VASP-6/VASP-6.3.1-GCC-AOCL

--------------------
  For detailed information about a specific "VASP-6" package (including how to load the modules) use the module's full name.
  Note that names that have a trailing (E) are extensions provided by other modules.
  For example:

         $ module spider VASP-6/VASP-6.3.1-GCC-AOCL
--------------------

Ko dobite dostop do programske opreme VASP na naši gruči, boste lahko naložili module VASP.

module load VASP-5/VASP-5.4.4

Binarni pari VASP

Ko je modul naložen, bodo v vaši poti na voljo ukazi vasp_* za priklic binarnih parov VASP.

Vsak modul VASP nudi tri različne binarne pare:

  • vasp_gam – graditev samo za točko gama

  • vasp_ncl – ne-kolinearni spin

  • vasp_std – standardni binarni par kpoint

Izbrati morate ustrezni binarni par za izvajanje vašega posla.

Izvajanje batch poslov

Za izvajanje batch poslov morate pripraviti skripto za posle (glejte spodnje primere) in jo oddati v batch sistem z ukazom sbatch.

Primer 1:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=vasp-test-1
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --output=foo-out.%j
#SBATCH --error=foo-err.%j
#SBATCH --time=00:10:00

module purge

module load VASP-5
module load numactl #Optional

export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
mpirun vasp_std

Primer 2:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=vasp-test-2
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --cpus-per-task=2
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH --output=foo-out.%j
#SBATCH --error=foo-err.%j
#SBATCH --time=0:10:00

module load VASP-6/VASP-6.3.1-foss2021b
mpirun vasp_std

Primer 3:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=vasp-test-3
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --hint=nomultithread
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH --output=foo-out.%j
#SBATCH --error=foo-err.%j
#SBATCH --time=0:10:00

module load VASP-6/VASP-6.3.1-foss2021b

export OMP_NUM_THREADS=1
export OMP_PROC_BIND=TRUE
export OMP_PLACES=cores
export I_MPI_PIN_RESPECT_CPUSET=0, I_MPI_PIN_CELL=core, I_MPI_DEBUG=10

mpirun --bind-to core --report-bindings vasp_std