Anaconda

  • Moduli za nalaganje:
module load Anaconda3/2021.11
  • na primer, ustvarite novo okolje z imenom myenvironment za python 3.9.7
conda create --quiet --yes --name myenvironment --python=3.9.7
  • aktivirati okolje:
conda activate myenvironment
  • preveri okolje:
conda env list
  • namestitev paketov
conda install --quite --yes pyyaml ipython scikit-learn tqdm
  • odstranite okolje (če ga ne potrebujete več)
conda env remove -n myenvironment

V svojem poslu, samo določite okolje, ki ga želite uporabiti:

#!/bin/bash
#SBATCH -n 2
#SBATCH -N 2
#SBATCH -p cpu
#SBATCH --mem=XY

module load Anaconda3/2021.11

source activate myenvironment

python3 myjob.py
  • spremeni okolje v condarc:
$ cat ~/.condarc
channels:
  - defaults
ssl_verify: true
envs_dirs:
  - /ceph/hpc/home/myusername/anaconda_envs
pkgs_dirs:
  - /ceph/hpc/home/myusername/anaconda_envs