Anaconda

• Moduli za nalaganje:

module load Anaconda3/2021.11

• na primer, ustvarite novo okolje z imenom myenvironment za python 3.9.7

conda create --quiet --yes --name myenvironment python=3.9.7

• aktivirati okolje:

conda activate myenvironment

• preveri okolje:

conda env list

• namestitev paketov

conda install --quiet --yes pyyaml ipython scikit-learn tqdm

• odstranite okolje (če ga ne potrebujete več)

conda env remove -n myenvironment

V svojem poslu, samo določite okolje, ki ga želite uporabiti:

#!/bin/bash
#SBATCH -n 2
#SBATCH -N 2
#SBATCH -p cpu
#SBATCH --mem=XY

module load Anaconda3/2021.11

source activate myenvironment

python3 myjob.py

• spremeni okolje v condarc:

$ cat ~/.condarc
channels:
  - defaults
ssl_verify: true
envs_dirs:
  - /ceph/hpc/home/myusername/anaconda_envs
pkgs_dirs:
  - /ceph/hpc/home/myusername/anaconda_envs