Skip to content

Anaconda

Anaconda je distribucija, ki omogoča enostavno upravljanje okolja za programski Python in R znotraj različnih domenskih področij. Primerno za Linux, macOS in Windows.

Licenca

Anaconda je ima licenco freemium, miniconda je zastojn.

Namestitev

Namestitev Miniconde3 

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -p /d/hpc/home/$USER/miniconda3/
mkdir ~/bin && ln -s /ceph/hpc/home/$USER/miniconda3/bin/conda ~/bin/conda
conda create --name pytorch_env python=3.10
conda activate pytorch_env

Preveri razpoložljive module

module avail Anaconda

Izpis

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- /cvmfs/sling.si/modules/el7/modules/all ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
   Anaconda3/2020.11    Anaconda3/2021.11    Anaconda3/2022.05    Anaconda3/2023.07-2 (D)

Naložite privzeti modul

module load Anaconda3

Ustvarite novo okolje myenv z specifično Python verzijo:

conda create --yes --name myenv python=3.10

Aktivirajte okolje

conda activate myenv

Izpis okolj, ki so na voljo

conda env list

Namestite dodatne pakete s pomočjo conda

conda install torch

Namestite dodatne pakete s pomočjo pip

pip install torch

Posodobite okolje

conda env update --name myenv --file env.yml

Deaktivirajte okolje

conda deactivate myenv

Odstranite okolje

conda env remove -n myen

SBATCH primer

#!/bin/bash
#SBATCH -n 2
#SBATCH -N 2
#SBATCH -p cpu

module load Anaconda3
source activate myenv

python3 script.py

Uredite okolje znotraj condarc

cat ~/.condarc

Izpis

channels:
  - defaults
ssl_verify: true
envs_dirs:
  - /ceph/hpc/home/$USER/anaconda_envs
pkgs_dirs:
  - /ceph/hpc/home/$USER/anaconda_envs

Dokumentacija